兰陵县审计局设以下10个内设机构，具体为：
一、办公室（挂党建工作科、县委审计委员会办公室秘书科牌子）。联系电话：0539-5211234。
二、法规科（挂执行科牌子）。联系电话：0539-5212128。
三、经济责任审计科。联系电话：0539-5201176。
四、财政审计科（挂电子数据审计科牌子）。联系电话：0539-5207386。
五、行政事业审计科。联系电话：0539-5207076。
六、农业农村审计科（挂自然资源和生态环境审计科牌子）。联系电话：0539-5201276。
七、固定资产投资审计科。联系电话：0539-5207396。
八、金融审计科。联系电话：0539-5206768。
九、企业审计科（挂涉外审计科牌子）。联系电话：0539-5206889。
十、社会保障审计科。联系电话：0539-5207586。
